新中国成立后，他在中央农业部的领导岗位上，会同贸易部副部长姚依林、办公厅主任林海云等同志讨论成立了中国第一个对外贸易公司——中国茶业出口公司（归中央贸易部领导），他兼任总经理。在当时错综复杂的国际形势变化中，他迅速同苏联等国签订茶叶贸易合同；加紧组织进行茶叶的收购加工，履行易货偿债；并积极开展对资本主义市场的贸易，推销积存茶叶；大力订制制茶机械，在各主要茶区筹建各种类型的制茶厂；同时联系各省积极建立和扩大茶叶教学与科研机构等。当抗美援朝开始，美国对我国实行封锁禁运，他又采取了绿茶改制红茶等应变措施。随后他召开了全国茶叶会议，制定了第一个茶叶发展计划，为新中国的茶叶事业勾划了宏伟细致的蓝图。此后他因调任其他工作，不再主管茶叶，但中国茶叶事业的发展和取得的成就，都直接或间接地和他的擘划分不开。

　　在经历了十年“文化大革命”的浩劫后，他已年逾八十高龄，但仍积极与农业和茶叶界人士探讨问题，参与各项考察和学术活动。他亲自去云南、广西、海南等茶区做调研，建议云南、贵州、四川、广西、广东发展红碎茶，以适应国际市场需要；为增强茶叶出口竞争力，他首先提出外销红、绿茶出口免税的建议；统筹外销茶产制运销一条龙等。这些战略性的意见，引起了有关部门的重视，有的已被采纳实施。1983年10月，他亲自到杭州参加“茶叶与健康、文化研讨会”，他在讲话中说：这次会“是一个创举”，“茶与医药、文化相结合前景非常广阔”。事实证明，我国茶文化活动从此蓬勃发展。

　　吴觉农茶学思想研讨会照片　　他生前著译甚丰，内容广泛。1987年在他九十寿辰时，由中国茶叶学会、中国农学会牵头，集中了老一代的茶叶专家，编选了以茶叶论文为主体的《吴觉农选集》。在晚年，他还主编了《茶经述评》一书，对我国茶叶历史和现状作了较全面、正确的评述。他七十年来有关茶叶的论著，丰富了祖国茶叶历史文库。他的传记已列入浙江省“文化名人传记丛书”。根据他对中国茶叶事业建立的功绩，以及对茶学的渊博知识、丰富的实践经验和理论著述，当年陆定一同志称誉他为“当代茶圣”，立即得到茶界以及各方面人士的普遍认同和热烈响应。在他的实践和理论探索基础上，形成了中国特有的茶学思想，至今仍有现实的指导意义。2001年5月，由我国茶学界、茶文化界以及有关企业单位发起组织了学术性民间团体“吴觉农茶学思想研究会”，宗旨是团结茶界专家学者和广大的茶人、爱茶人共同探讨与弘扬他的茶学思想，繁荣茶叶经济、茶文化，为社会主义的物质文明和精神文明服务。